火山噴火予知計画が発足した昭和４９年当時は、北海道大学理学部、東北大学理学部、東京大学地震研究所、京都大学理学部および防災研究所、九州大学理学部が中心となって、活火山の集中総合観測等の共同研究を企画・実施してきた。その後、弘前大学理学部、東京大学理学部、東京工業大学草津白根火山観測所、名古屋大学理学部、鹿児島大学理学部が参画し、火山噴火予知研究に様々な研究分野の多くの研究者によって火山噴火予知研究が推進されることとなった。また、平成６年度からの第５次火山噴火予知計画では、集中総合観測とあわせて、火山体構造探査が実施されることになり、大学が中心となって実施する火山噴火予知研究に関連する諸問題を検討する場の必要性が従来に増して痛感された。そこで、平成６年6月２８日、関係者が集まり、火山噴火予知研究に関心をもつ大学の研究者を構成員とする「火山噴火予知研究委員会」が発足の運びとなった。
火山噴火予知研究委員会では、火山体構造探査や集中総合観測などの共同研究の企画・実施などを行ってきたが、省庁再編などの動きの中で、大学の火山噴火予知計画のあり方などを検討し、それを今後の火山噴火予知計画建議等へ反映させる組織の必要性が議論された。火山噴火予知研究委員会の検討結果を受けて、火山噴火予知計画にかかわる各大学の代表者で構成される「火山噴火予知研究協議会」を東京大学地震研究所に設置することとなった（平成12年４月発足）。
なお、集中総合観測や構造探査の実施、また緊急時の観測調査には幅広い分野の研究者の協力が不可欠であるところから、火山噴火予知研究委員会は引き続きその機能を存続し、火山噴火予知研究協議会と両輪となって、火山噴火予知研究を推進することとした。