全国の大学等が連携して実施している「災害の軽減に貢献するための地震火山観測研究計画」を推進するために，地震研究所には地震・火山噴火予知研究協議会が設置されている．地震・火山噴火予知研究協議会の下には，推進室と戦略室からなる企画部が置かれ，研究計画の立案と実施で全国の中核的役割を担っている．企画部推進室は，流動的教員を含む地震火山噴火予知研究推進センターの専任教員，地震研究所の他センター・部門の教員から構成されている．流動的教員は，地震研究所以外の計画参加機関にも企画部の運営に参加してもらうために，東京大学以外の大学，関連機関から派遣されており，2年程度で交代する．戦略室には，効果的に研究計画を推進するために，東京大学地震研究所以外の多くの大学の研究者も参加している．企画部では次のような活動を行っている．
- 協議会の円滑な運営のため常時活動し，大学等の予算要求をとりまとめる．
- 地震・火山噴火による突発災害発生時に調査研究を立ち上げるためのとりまとめを行なう．
- 大学の補正予算等の緊急予算を予算委員長と協議し，とりまとめる．
- 研究進捗状況を把握し，関連研究分野との連携研究を推進する．
毎年３月に成果報告シンポジウムが開催され，大学だけでなく研究計画に参加するすべて機関の研究課題の成果が発表される．科学技術・学術審議会測地学分科会が毎年作成している成果報告書では，各課題の成果報告に基づいて全体の成果の概要をとりまとめている．
2019年度から開始された「災害の軽減に貢献するための地震火山観測研究計画（第2次）」では，災害科学として重要な次の5つの対象について，研究分野を横断した総合研究を実施することとなっている．南海トラフ沿いの巨大地震，首都直下地震，千島海溝沿いの巨大地震，桜島大規模火山噴火，高リスク小規模火山噴火．これら総合研究を効果的に実施するために，それぞれについて総合研究グループを設置して，研究集会等によりグループ内での密接な情報交換ができるようにした．2019年6月の山形県沖の地震に際しては，地震活動をより精度良く把握するための緊急研究実施のための援助を行った．また，地震・火山噴火予測研究の現状を正確に社会に伝えることを目的として，主に報道関係者を対象とするサイエンスカフェを開始した．